В 1894 г. он командируется в Париж для ознакомления с настроениями французского общества по поводу участия Франции в торжествах по случаю открытия Кильского канала и одновременно по поручению департамента полиции для сбора сведений о положении заграничной агентуры Департамента полиции. Официально Манулов был аккредитован как секретарь газеты «Новости». В 1899 г. Манасевич-Мануйлов был командирован в Рим, где с 1901 г. исполнял обязанности агента по римско-католическим делам. Ему было поручено организовать секретное наблюдение за прибывающими из России священнослужителями Римско-католической церкви, особенно за сношениями последних с кардиналом Ледоховским, который являлся в это время главным руководителем антирусской агитации среди католического духовенства. В своих донесениях он указывал следующее: «Мною были приняты меры к подысканию в известных сферах людей, которые за денежное вознаграждение могли бы держать меня в курсе всего того, что происходит. После тщательного ознакомления с отдельными кружками мне удалось заручиться сотрудничеством 2-х католических священников, пользующихся полным доверием в здешних посольских сферах. Кроме того, я имею возможность войти в сношения и пользоваться услугами двух лиц в Кракове и одного во Львове. Мне казалось возможным заручиться содействием итальянского правительства, что и было достигнуто путем дипломатических переговоров поверенного в делах и соглашением, происшедшим между директором политической полиции в Риме г. Леонарди и мною. С известными сотрудниками и содействием местных властей наблюдения за польскими происками могут дать полезные результаты».
Одновременно Манасевич-Мануйлов вел наблюдение за русскими революционными группами. В 1902 г. по приказанию В. К. Плеве он был командирован в Париж «для установления ближайших сношений с иностранными журналистами и представителями парижской прессы в целях противодействия распространению в сей прессе ложных сообщений о России с отпуском ему 1500 руб. жалованья и 300 руб. на расходы». В октябре 1903 г. он информировал руководство Департамента полиции, что установил связь с римским журналистом Белэном, который согласился снабжать его сведениями обо всем, что происходит в итальянских социалистических кружках и в редакции газеты «Аванти». Другим сотрудником стал польский журналист Домбровский, который давал сведения из сфер, близких к журналу «Европеец».
Во время Русско-японской войны Мануйлов начал активно заниматься контрразведывательной деятельностью. 24 марта 1904 г. русский военный агент в Париже Владимир Петрович Лазарев информировал начальника Военно-статистического отдела Главного штаба В. П. Целебровского, что чиновник Министерства внутренних дел Мануйлов сообщил ему, что «центром японской разведывательной службы является Вена».
В справке Департамента полиции его деятельность характеризовалась так: «…Мануйловым была учреждена непосредственная внутренняя агентура при японских миссиях в Гааге, Лондоне и Париже, с отпуском ему на сие 15 820 руб., благодаря сему представлялось возможным, наблюдая за корреспонденцией миссий, получить должное освещение настроений и намерений нашего врага; кроме того, Мануйлову удалось получить часть японского дипломатического шифра и осведомляться таким образом о содержании всех японских дипломатических сношений, этим путем были получены указания на замысел Японии причинить повреждения судам 2-й эскадры на пути следования на Восток. …Мануйлов получил от Департамента поручение организовать специальное отделение розыска по международному шпионству и наблюдению за прибывающими в столицу представителями некоторых держав, сочувствующих Японии. Энергичная деятельность Мануйлова дала вскоре же осведомленность в отношении английского и шведского представителей, причем Мануйлов даже сумел проникнуть в тайну их дипломатических сношений, а равно организовал агентуру при турецком посольстве». Мануйлов попытался реализовать свои возможности и способности на поприще научно-технической разведки. Он предложил Главному артиллерийскому управлению «доставлять специальные документы, т. е. чертежи орудий и т. п.». Он достаточно тесно взаимодействовал с французской тайной полицией, которая охотно безвозмездно передавала ему документы, относящиеся к Русско-японской войне, в первую очередь относительно японской агентуры, действующей в России. Поэтому, вернувшись в Петербург, он предложил директору Департамента полиции А. А. Лопухину проект создания организации для борьбы с международным шпионажем против России.
«Мой проект, — писал впоследствии сам Мануйлов, — был одобрен министром внутренних дел, и мне было поручено организовать особое отделение при департаменте». Таким образом, летом-осенью 1904 г. было создано специальное подразделение тайной полиции, которое начало выполнять контрразведывательные функции. В отличие от Разведочного отделения Военного министерства оно располагало значительными денежными средствами. На агентурно-розыскные мероприятия руководство тайной полиции ассигновало 23 тыс. руб., что в несколько раз превосходило расходы всего Разведочного отделения Главного штаба.
Манасевичу-Мануйлову пришлось также столкнуться с деятельностью эмиссара клана «Черного Дракона» Мотодзиро Акаси.
По сведениям Департамента полиции, к осени 1904 г. кроме Вены резидентуры японской военной разведки были созданы в Антверпене и Стокгольме. Они организовали разведывательное сопровождение 2-й Тихоокеанской эскадры в ее движении на Дальний Восток. Активная разведывательная деятельность, организация диверсий, поддержка террористической деятельности левоэкстремистских революционных организаций внутри России, организация и подготовка вооруженного восстания в национальных окраинах Российской империи — вот далеко не полный перечень деятельности клана «Черного Дракона». Везде чувствовалась уверенная рука опытного противника.
Согласно законам диалектики общественно-политического развития противники и оппозиция строю, режиму, вождю всегда есть в любой стране. Вопрос в том, насколько они дееспособны, влиятельны, организованны и готовы к решительным действиям. Задачей спецслужб в отношении их является выявление их признанных лидеров и отношения к ним в обществе, армии и органах государственной безопасности. Важным является выяснение таких вопросов: пользуются ли они поддержкой извне и как изменится политический и экономический климат в регионе в случае их прихода к власти? Особое значение эти вопросы приобретали, когда речь шла о стране, которая по своему геополитическому положению представляла значительный интерес.
В свое время при разработке планов на предстоящую военную кампанию японское командование принимало в расчет даже возможный рост революционного и национально-освободительного движения в России. Уже в середине 1903 г. в меморандуме императорского японского Генерального штаба было особо отмечено и указано на российское социалистическое движение как на возможного союзника при проведении подрывных операций в тылу противника. Японским дипломатам и разведчикам было рекомендовано обратить внимание на разработку как представителей либеральной оппозиции, так и радикальных революционных групп.
В марте 1904 г. начальник Выборгского охранного отделения доносил в Департамент полиции следующее: «Серьезного внимания в настоящее время заслуживает то обстоятельство, что японская миссия в Петербурге после разрыва дипломатических отношений с Россией избрала свое местожительство именно в Стокгольме. Есть основания полагать, что это сделано с той целью, чтобы удобнее следить за всем тем, что происходит теперь в России. …Ближайшими помощниками японцев для получения необходимых сведений из России могут быть высланные за границу финляндцы, проживающие ныне в Стокгольме; для последних же добывание этих сведений не может составить большого затруднения».
Поэтому руководство российской тайной полиции приняло решение организовать плотное агентурное наблюдение за деятельностью японских военных агентов и оппозицией за границей. С этим заданием И. Ф. Мануйлов в октябре 1904 г. срочно выехал в Западную Европу. Для решения поставленных задач ему была выделена солидная сумма в размере 45 тыс. руб. Она почти в два раза превосходила годовой бюджет всего Разведочного отделения Главного штаба. Довольно скоро Мануйлов установил, что ключевой фигурой японского шпионажа в Европе является военный атташе в Стокгольме полковник Мотодзиро Акаси.
Именно он сумел наладить контакты с лидерами финляндской оппозиции, которые к этому времени располагали весьма обширными связями в русских, польских и прибалтийских революционных и либеральных кругах. Самую широкую поддержку и взаимопонимание Акаси нашел у видного политического деятеля Финляндии, известного журналиста и литератора, создателя и руководителя Партии активного сопротивления Финляндии Конрада (Конни) Виктора Зиллиакуса. Последний родился в 1855 г. в семье сенатора X. Ю. В. Зиллиакуса, получил юридическое образование и с 1978 г. служил в Верховном суде, а с 1879 г. — в канцелярии генерал-губернатора Финляндии.
