Череп у крокодилов тяжелый и прочный. Общей особенностью черепа является почти полное окостенение первичного хрящевого черепа и развитие большого числа кожных костей, формирующих крышу, бока и дно черепа. В затылочной области, сформированной 4 одноименными костями, характерно наличие только одного затылочного мыщелка, что облегчает движение головы в разных направлениях. Область слуховых капсул образована 3 парными ушными костями. В височной области имеется чешуйчатая кость – важное звено в системе, прикрепляющей нижнюю часть челюсти к мозговому отделу черепа. Крыша черепа составлена парными носовыми, предлобными, теменными и непарной межтеменной костями.
Дно черепа формируют парные нёбные, крыловидные и квадратные кости. Последняя пара сверху прикрепляется к чешуйчатым костям, а снизу с ней сочленяется нижняя челюсть, состоящая из 3 парных костей: зубных, угловых и сочленовных.
Развитость пятипалых конечностей, появление шейного отдела и вообще большая расчлененность тела – все это приводит к сложной дифференцировке мышечной системы. Подобная дифференцировка необходима крокодилам в первую очередь для лучшей координации движений, особенно во время охоты.
Нервная система крокодилов устроена заметно сложнее, чем у большинства современных рептилий. Полушария большого мозга относительно крупнее, они имеют кору из серого мозгового вещества. Однако последняя развита еще слабо, и большая часть переднего мозга состоит из полосатых тел, которые у крокодилов и являются высшим нервным центром. В связи со значительным развитием полушарий переднего мозга промежуточный мозг сверху почти не виден. Хорошо развиты теменной орган и эпифиз. Теменной орган своим строением напоминает глаз. В нем различают уплотненный прозрачный передний отдел, в известной мере подобный хрусталику, и бокалообразную заднюю часть, внутренняя стенка которой имеет чувствующие и пигментные клетки. Теменной орган помещается в отверстии межтеменной кости и весьма эффективно воспринимает световые раздражения. Мозжечок сильно развит, что связано со сложностью движения. Продолговатый мозг образует в вертикальной плоскости ясный изгиб, что характерно для всех высших позвоночных.
Высокое развитие нервной деятельности определяет возможности более сложного приспособительного поведения путем проявления врожденных рефлексов и инстинктов и формирования новых условных рефлексов.
Органы чувств у крокодилов хорошо развиты, но следует отметить, что изначально они были приспособлены для наземного образа жизни, поэтому некоторые органы чувств оказались подвергнуты вторичному упрощению. Механические раздражения воспринимаются так называемыми осязательными волосками, расположенными на чешуйках и связанными с осязательными пятнами – скоплениями чувствующих клеток, лежащими под эпидермисом. Полностью отсутствуют органы боковой линии, свойственные только водным низшим позвоночным.
В строении органов обоняния имеется довольно ясная дифференцировка серединной части обонятельного хода на нижний, дыхательный и верхний собственно обонятельные отделы. В начале обонятельного хода выражено обособленное преддверие, а его нижний отдел, открывающийся в глотку, представляет носоглоточный ход. У крокодилов имеются особые кожистые клапаны, позволяющие перекрывать дыхательные пути при погружении в воду.
Орган слуха представлен внутренним и средним ухом. Последнее содержит также только одну косточку – стремя. Перепончатый лабиринт более дифференцирован; в нем наблюдается обособление улитки.
Глаза снабжены подвижными веками. Из них нижнее веко развито сильнее и более подвижно. Имеется третье веко – мигательная перепонка, закрывающая глаз из его переднего угла. Наличие третьего века позволяет этим рептилиям видеть под водой.
Пищеварительная система крокодилов довольно сложно устроена. Ротовая полость заметно отграничена от глотки. У крокодилов носоглоточные ходы отделены от ротовой полости вторичным костным нёбом, возникающим путем разрастания нёбных отростков межчелюстных и верхнечелюстных костей и самих нёбных и крыловидных костей. Это позволяет хищникам полностью разделить дыхательную и пищеварительную системы.
Крокодил может спокойно ловить рыбу и глотать ее под водой без риска задохнуться. На дне ротовой полости располагается подвижный мускулистый язык. Зубы сидят на верхнечелюстных, межчелюстных, крыловидных и нижнечелюстных костях. В отличие от амфибий сошник крокодилов лишен зубов. Зубы расположены только на межчелюстных, верхнечелюстных и зубных костях, сидят в альвеолах, как и у млекопитающих.
Желудок хорошо выражен и снабжен сильной мускулатурой. На границе между тонкими и толстыми кишками расположена зачаточная слепая кишка. Печень имеет желчный пузырь, проток которого впадает в кишечник примерно в том же месте, что и проток поджелудочной железы.
Развитие крокодилов проходит без метаморфозы, т. е. они не имеют личинок, обитающих в воде. Во время эмбрионального развития жаберный аппарат не формируется, и газообмен у зародыша, находящегося в яйце, осуществляется при помощи сосудов аллантоиса (первичного мочевого пузыря) и желточного мешка. Взрослые крокодилы дышат только легкими, так как кожное дыхание у них в связи с появлением рогового покрова отсутствует. Все вышесказанное, а также более высокий общий уровень жизненных процессов у рептилий обусловливают у них более сложное строение легких.
Общая форма легких у рептилий мешковидная, однако внутренняя полость значительно меньше, так как от стенок легких внутрь отходит сложная сеть перегородок, делящих полость легкого на множество мелких ячей. Особенно сильно развиты указанные образования у высших рептилий – черепах и крокодилов. У наиболее примитивной современной рептилии – гаттерии – внутренняя полость легких еще велика.
Задняя часть легких у многих видов не имеет ячей и перегородок и часто вытянута в виде тонкостенных пальцевидных выростов – легочных мешков. Окисления крови в них не происходит.
Характерна дифференцировка дыхательных путей. Гортанная щель ведет в одноименную камеру, поддерживаемую непарным перстневидным и парным черпаловидным хрящами. От гортани отходит длинная трахея. Трахея разделяется на два бронха, идущих в легкие.
Механизм дыхания иной, чем у амфибий. Воздух не заглатывается ртом, а втягивается в легкие и выталкивается обратно путем распространения, расширения и сужения грудной клетки, обусловленных движением ребер. Этот тип дыхания, свойственный высшим позвоночным, а также более сложная структура легких обеспечивают и более совершенный газообмен.
