В. К. Витгефт, неуверенно чувствовавший себя в роли флотоводца и находившийся под впечатлением катастрофы с «Петропавловском», избрал коллегиальную форму руководства боевыми действиями. Свои решения он подкреплял мнением собраний «флагманов и капитанов», на которых обсуждались возможные варианты операций кораблей эскадры. В конце апреля В.К. Витгефт провёл несколько таких совещаний, в одном из них приняли участие и сухопутные генералы во главе с начальником Квантунского укрепленного района генерал-лейтенантом Стесселем. A.M. Стессель, в частности, призвал моряков направить корабельные орудия и команды на усиление сухопутной обороны крепости, слабой для отражения возможного штурма японцев. В целом совещания, следуя общим указаниям наместника и пожеланиям командиров, постановили свезти на берег максимальное число орудий малого и среднего калибров не только с неисправных, но даже с вполне боеготовых кораблей. Таким образом было положено начало разоружению флота, которое пагубно сказалось на его боеспособности и в дальнейшем привело к гибели оставшихся в Порт-Артуре броненосцев и крейсеров.
Одновременно совещания единодушно отклонили предложения Е.И. Алексеева об активных действиях кораблей флота с целью противодействия японской эскадре. Выход крейсеров посчитали рискованным из-за минной опасности, а ночной рейд миноносцев, по мнению обоих заведующих отрядами — капитанов 2-го ранга Е.П. Елисеева и М.В. Бубнова, грозил большими потерями без соответствующей надежды на успех. В результате В.К. Витгефт решил ограничиться обороной рейда и систематическим тралением японских минных заграждений, а для противодействия японской ближней блокаде поставить мины с минного транспорта «Амур».
Единственную попытку атаковать японские корабли у Квантуна предпринял по своей инициативе лейтенант М.С. Рощаковский, вооруживший тремя минами Уайтхеда моторный катер «Авось» (с броненосца «Ретвизан»). Но смелая вылазка Рощаковского окончилась неудачей: в ночь на 27 апреля вблизи Талиенвана «Авось» сел на камни и был взорван экипажем.
Между тем, японский флот, развернувший систематические действия в районе островов Эллиот, Квантуна и Порт-Артура, сам оказался под угрозой воздействия русских минных заграждений. Японцы начали траление и вскоре понесли первые потери. 29 апреля в бухте Керр на мине подорвался и погиб миноносец № 4, 1 мая такая же участь постигла минный крейсер (авизо) «Мияко». На обоих кораблях погибло 9 и было ранено 30 японских моряков.
Днем 1 мая 1904 г. минный транспорт «Амур» под командованием капитана 2-го ранга Ф.Н. Иванова, воспользовавшись туманом, скрывшим корабль от блокадного отряда вице-адмирала Дева, вышел в море и поставил 50 мин заграждения на обычном маршруте японцев. Заградитель прикрывали эскадренные миноносцы «Скорый», «Сердитый», «Смелый», «Стройный», «Внимательный» и «Выносливый». Ежедневные наблюдения за шаблонным маневрированием блокирующих отрядов противника привели Ф.Н. Иванова к решению поставить мины в 10,5-11 милях от Золотой горы. Заграждение было поставлено в течение получаса в линию длиной 12,5 кб поперёк вероятного курса японских кораблей. Углубление мин составило 3,3 м ниже уровня малой воды. Контр-адмирал Витгефт, хотя и разрешил постановку мин вне 3-мильных территориальных вод, всё же ограничил её расстоянием 8–9 миль от входа на внутренний рейд. Поэтому командующий эскадрой не вполне одобрил действия командира «Амура», зато события следующего дня полностью подтвердили правильность решения Ф.Н. Иванова.
Утром 2 мая у Порт-Артура появился блокирующий отряд контр-адмирала Т. Насиба в составе броненосцев «Хацусе», «Сикисима» и «Ясима», крейсера «Касаги» и авизо «Тацута». В 9 час. 55 мин. флагманский корабль Т. Насиба — «Хацусе» кормой подорвался на мине, вода затопила рулевое отделение. Вскоре последовали два минных взрыва под броненосцем «Ясима», который потерял ход. Пытаясь спасти повреждённые корабли, японцы продолжали маневрировать в районе минного заграждения. В 11 час. 33 мин. «Хацусе» подорвался вторично. Взрыв мин, очевидно, вызвал детонацию кормовых погребов боезапаса и корабль стремительно затонул, унеся с собой 493 человека экипажа. На уцелевших японских кораблях возникло замешательство. Предположив атаку русских подводных лодок, они вскоре открыли огонь по плавающим на воде предметам.
Несмотря на то, что первый взрыв под «Ясима» был замечен русскими наблюдателями с Золотой горы, контр-адмирал В.К. Витгефт проявил колебания и не воспользовался благоприятной возможностью нанести серьёзное поражение части сил японского флота. Для развития успеха он располагал броненосцами «Пересвет» и «Полтава», пятью крейсерами (в том числе одним броненосным) и шестнадцатью эскадренными миноносцами, не считая минных крейсеров и канонерских лодок. Полная вода 2 мая наступила в 11 час. 00 мин. и русский командующий мог вывести все свои корабли в море уже вскоре после гибели «Хацусе». У контр-адмирала Наси-ба, спасённого с погибшего флагманского корабля, имелся всего один исправный броненосец — «Сикисима», а также два больших, четыре малых бронепалубных крейсера, авизо, три канонерские лодки и два миноносца. Свободу маневрирования японцев связывал повреждённый «Ясима».
Однако В.К. Витгефт, несмотря на советы контр-адмирала М.Ф. Лощинского, командира «Полтавы» И.П. Успенского и некоторых других, отказался послать в бой большие корабли. С большим опозданием — к 13 час. 00 мин, — на рейд вышли оба отряда миноносцев, из них 1-й отряд должен был после атаки поврежденного «Ясима» прорваться в море для ночного поиска противника. Лишённые поддержки своих броненосцев и крейсеров, 16 русских миноносцев под командованием капитанов 2-го ранга Е.П. Елисеева и М.В. Бубнова сблизились с японцами на дистанцию 40 кб и к 15 час. 30 мин. вернулись в Порт-Артур, преследуемые крейсерами «Касаги» и «Такасаго».
Японским морякам всё же не удалось спасти «Ясима»: повреждённый броненосец вскоре затонул у скалы Энкаунтер. Адмирал Того в один день лишился одной трети своего линейного флота и был вынужден отказаться от ближней блокады крепости. Порт-Артур до конца осады был избавлен от угрозы бомбардировки с моря. X. Того сосредоточил усилия на ночных минных постановках на внешнем рейде, днём за выходом из Порт-Артура наблюдали его крейсера и миноносцы.
Густой туман, державшийся в начале мая 1904 г. у берегов Квантуна, вызвал в японском флоте также серьёзные навигационные аварии. В 1 час. 40 мин. 2 мая броненосный крейсер «Кассуга» из отряда контр-адмирала С. Дева (пропустившего минную постановку «Амура») протаранил и потопил свой передний мателот — крейсер «Иосино». На этом корабле — одном из четырёх японских быстроходных крейсеров-погибло 335 офицеров и матросов. Вечером того же дня контр-адмирал Насиба на авизо «Тацута» потерял своё место, авизо выскочил на камни и встал на длительный ремонт. После этого Т.Насиба исчез из списка флагманов действующего флота. Неудачное маневрирование в тумане при постановке на якорь в заливе Кинджоу привело к гибели в ночь на 4 мая канонерской лодки «Осима», попавшей под таран канонерской лодки «Акаги».
Вечером 4 мая на минном заграждении «Амура» южнее Ляотешана взорвался и погиб истребитель «Акацуки». Из 66 человек его экипажа удалось спасти лишь 36. Большие потери под Порт-Артуром, равные потерям в крупном сражении, произвели тяжёлое моральное воздействие на личный состав японского флота и отчасти привели к снижению его активности. Возможно поэтому русским удалось без противодействия японцев спасти крейсер 1 ранга «Богатырь», который потерпел серьёзную аварию в Амурском заливе. 2 мая этот крейсер под флагом контр-адмирала К.П. Иессена направился из Владивостока в Посьет и, опрометчиво войдя 10-узловым ходом в полосу тумана, выскочил на камни у мыса Брюса. Спасательные работы увенчались успехом только через месяц, но «Богатырь», поставленный в док для ремонта тяжёлых повреждений днища, вышел из строя до конца войны.
Через неделю после этой аварии во Владивосток прибыли новый командующий флотом в Тихом океане вице-адмирал Н.И. Скрыдлов и командующий 1-й Тихоокеанской эскадрой вице-адмирал П. А. Безобразов. По докладу Н.И. Скрыдлова Николаю II на Балтике началась интенсивная подготовка подкреплений, сведённых во 2-ю Тихоокеанскую эскадру под командованием начальника ГМШ контр-адмирала 3. П. Рожественского. Командующий флотом, задержавшись с отъездом из Европы, не успел попасть в блокированный Порт-Артур. Находясь во Владивостоке, он при поддержке адмирала Е.И. Алексеева попытался активизировать действия на море. С целью отвлечения японского флота от Порт-Артура, одновременно с наступлением Маньчжурской армии для выручки крепости, было решено провести «экспедицию» крейсеров в южную часть Японского и Жёлтого морей и набег миноносцев на берега Японии. Значение этих действий снижалось ограниченностью сил в распоряжении Н.И. Скрыдлова: во Владивостоке на каждого адмирала приходилось по одному крейсеру. Из-за нарушения связи с Порт-Артуром оказалось невозможным добиться желаемого взаимодействия с главными силами флота, скованными потерями и пассивностью В.К. Витгефта.
