Экспедиция дона Альваро находилась в Пуэрто-де-лос- Рейес уже три месяца. В это время началось половодье на всех реках и водоемах, что сопровождалось появлением невероятных туч комаров. Взятые вместе подобные обстоятельства делали пребывание в самом порту невозможным. Люди заболевали от перегрева и лихорадки. Всякая деятельность по обследованию земель продолжаться больше не могла. Аделантадо принимает решение свернуть экспедицию и возвращаться в Асунсьон, где больные могли подлечиться, а остальные получить передышку после многих месяцев тяжелых переходов и работ. Два месяца отряд губернатора поднимался против течения вверх по реке, но по ускоренному полноводному течению возвращение в столицу провинции заняло всего 12 дней. Асунсьон встретил экспедицию 8 апреля 1543 года. Среди почти поголовно больных и невероятно ослабленных ее участников было немало недовольных тем, что, как они считали, аделантадо обрек многих из них на лишения и страдания, запретив им от имени короля силой отбирать продовольствие у индейцев, которые не хотели расставаться с последними его запасами, столь необходимыми им самим для собственного выживания.
В Асунсьоне губернатора ожидали большие неприятности. После его ухода в экспедицию группа племен агасес поднялась на войну против испанцев, нападая на них в городах и поселениях, на дорогах и повсюду, где они им попадались на глаза. Убийства, грабежи, захваты женщин и детей, поджоги и угрозы с их стороны стали случаться так часто, что заместитель губернатора Саласар был вынужден собрать всех испанцев и около 20 ООО дружественных индейцев для ведения борьбы против восставших. Население провинции жило в постоянном страхе и недовольстве сложившимся положением.
Кроме того, особое недовольство испытывала и целая группа должностных лиц, прибывших из Испании вместе с губернатором, назначение многих из которых на высокие должности в провинции он сам рекомендовал королю. Их не устраивала та гуманная политика, которую аделантадо проводил в отношении индейцев, а также его противодействие их стремлениям нажиться незаконными мерами за счет бесправного населения. Они считали также, что губернатор совершенно не может осуществить захват и колонизацию новых территорий, чего ожидал от него король. 15 дней спустя после возвращения дона Альваро из почти трехмесячного похода они организовали заговор с целью его ареста. Для оправдания своих действий заговорщики решили распространить ложные слухи о планах губернатора отобрать у 100 самых состоятельных испанцев их дома, поместья и индейцев, чтобы раздать их главным участникам экспедиции в верховьях Парагвая. Чтобы якобы предотвратить осуществление такого плана, они подговорили также этих псевдожертв аделантадо с оружием в руках захватить две его резиденции и арестовать его. Авторы намеченного переворота одновременно распространяли утверждения, что смещение губернатора будет приветствоваться королем, который наградит восставших за проявленную ими бдительность и верность короне.
В соответствии с условленным обеими этими группами планом действий десяток выделенных для исполнения заговора людей проникли среди ночи в окруженный дом аделантадо, прокрались при содействии своего сообщника в лице его слуги в его спальню и с громогласными отрепетированными криками «Свобода! Свобода! Да здравствует король! Смерть тирану!», угрожая ему оружием, вытащили больного дона Альваро в ночной рубашке на улицу. Здесь ожидавшая его появления вооруженная толпа взорвалась истошными воплями ликования и призывами «покончить с тираном и предателем короля». Однако, испугавшись проведения казни главного представителя короны в провинции без суда, заговорщики бросили закованного в кандалы аделантадо в темную комнату дома одного из своих людей, превратив ее в тюремную камеру. Вслед за этим они арестовали и лишили символов власти и тех должностных лиц, которые сохраняли лояльность по отношению к губернатору, и заточили их в тюрьму. Однако немалая часть населения города, хотя и пребывала в неблагоприятных условиях и даже в определенной степени была склонна считать виновным в этом Кабеса де Вака и его чиновников, тем не менее выступила против незаконных действий заговорщиков, требуя освободить губернатора и других заключенных. Жители Асунсьона, а затем и всей провинции разделились на враждующие группировки. Дело доходило до вооруженных схваток, но заговорщикам удавалось сохранять контроль над положением в своих руках.
В ходе упомянутых событий, взломав несколько сейфов, руководители переворота завладели всеми официальными и личными документами губернатора, включая подготовленные им отчеты для короля. Они не постеснялись даже захватить его личные носильные вещи, предметы обихода, запасы продовольствия, вина и оливкового масла. Все это награбленное имущество дона Альваро на огромную сумму примерно в 100 ООО касгельянос, они поделили между собой. Их наглость и беспринципность дошли до того, что содержание тюрьмы, охраны и все прочие расходы, связанные с проведением переворота и поддержания новой незаконной власти, были отнесены ими на счет личных средств благородного аделантадо.
На следующий же день после ареста дона Альваро и его сторонников толпа заговорщиков и их сообщники организовали шумное сборище перед домом капитана Доминго Иралы, где зачитали обвинительный акт против смещенного губернатора и постановление о передаче властных постов новым людям из своего числа. Пост временного губернатора и генерал-капитана провинции по этому решению был передан Доминго Ирале, а остальные важные должности оказались в руках его верных людей. Этими незаконными действиями заговорщиков был положен конец власти и всем полномочиям первооткрывателя и конкистадора новых земель в этой части Южной Америки губернатора и аделантадо провинции Ла-Плата Альваро Нуньеса Кабесы де Вака..
Однако сам дон Альваро продолжал находиться в сырой и темной тюремной камере-одиночке еще в течение 10 месяцев под очень строгой охраной. Несмотря на это, ему удавалось поддерживать регулярные контакты со своими сторонниками на свободе через прислугу индианку, приходившую его кормить каждый день. Хотя перед приходом и уходом ее всякий раз охранники раздевали догола и тщательно досматривали, смелая женщина продолжала переносить записки от губернатора и его верных людей, привязывая их нитками под пальцами босых ног, которые тщательно перемазывала в грязи, чтобы лучше скрывать опасную передачу. Благодаря налаженной таким образом конспирации Кабеса де Вака был хорошо осведомлен о положении в городе и действиях свергнувших его противников. Но он наотрез отказывался от предложений своих сторонников освободить его силой.
